标的名称:“宁波前湾新区自然人群慢性非传染性疾病防控研究”项目样本检测及数据X析服务项目
数量/单位:1批
预算金额(X):X.X
采购目录:CX其他医学研究与试验发展服务
需实现的主要功能或者目标:X例粪便样本肠道菌群、X例唾液样本唾液菌群、X例血液样本全基因重测序、X例血浆样本cfDNA修饰组学和X例血浆样本蛋白质组学检测与数据X析服务
(一)技术要求:
1.肠道菌群和唾液菌群
完成X例粪便样本和X例唾液样本DNA提取,单样本原始数据量不低于XG raw data,完成宏基因组数据标准信息X析与定制化信息X析,并交付信息X析报告。
2.全基因重测序
完成X例血液样本DNA提取,产出数据量≥XGb(测序深度Xx),完成数据质控和SNP、INDEL、CNV和SV的变异信息检测和X析,并交付信息X析报告。
3.cfDNA修饰组学
完成X例人血浆样品cfDNA提取,单样本原始数据量不低于XG raw data,测序深度达到Xx,完成原始数据质控、全基因组甲基化率X析、组织溯源X析等,须完成深入挖掘cfDNA甲基化数据等定制化X析,并交付信息X析报告。
4.蛋白质组学
完成X例血浆蛋白质组学检测X析,蛋白鉴定数不少于X个。对鉴定到的蛋白质进行功能注释X析、时间序列X析、组间差异蛋白相关X析、组织溯源等,并交付信息X析报告。
(二)检测方法
粪便/唾液/血液样本经DNA提取、片段化(X–Xbp)、文库构建后,采XPEX测序,完成质控、过滤及相应生物信息学X析。血浆cfDNA经重亚硫酸盐转化、文库构XPEX测序,完成甲基化及相关X析。血浆蛋白经低丰度富集、上机检测后,采用Orbitrap AX采集数据,DDA鉴定建库、DIA定量X析,完成GO/COG/KOG/Pathway注释、差异蛋白及PPI、亚细胞定位等X析。
(三)质控措施
核酸/测序类:收样后及时提取并严格质控,收样后≤5个自然日出具样品质检报告;文库须经Agilent X与ABI StepOnePlus双重检测,不合格严禁上机;数据须达规定数据量,且QX≥X%、QX≥X%、单碱基错误率均值<1%,不合格须免费补测;交付完X原始数据及X析报告,多测数据归采购人所有。蛋白组:样本随机化,每组X%样本制备Pool QC;每批次X样本+1 Pool QC+1技术重复;满足肽段定量、基质/空白/Pool QC等既定质控标准。
需满足的质量、服务、安全、时限等要求: 样本运输必须配备专人负责实验样品的收集及运输,根据采购人需求实时收取样品,保障所有样品质量不受损。所有样本运送必须采用符合相关标准的冷链物流车或转送车辆及冷链物流箱进行运输。;拟针对已采集的样本开展以下多组学项目:
X例粪便样本肠道菌群检测与数据X析服务
X例唾液样本唾液菌群检测与数据X析服务
X例血液样本全基因重测序检测与数据X析服务
X例血浆样本cfDNA修饰组学检测与数据X析服务
X例血浆样本蛋白质组学检测与数据X析服务
技术要求、检测方法、质控措施、检测要求、项目周期详见“主要功能或目标”。; 供应商需具有执行项目相关的ISOX质量管理体系认证、ISOX信息安全管理体系认证、ISOX职业健康安全管理体系认证、ISOX环境管理体系认证,CMA检验检测机构资质认定证书等权威机构认证证书。; 项目周期为X个工作日,自双方签署采购合同、样本接收之日起计算,节点逾期需承担违约责任,具体周期划X:
1.样本接收后,5个工作日内完成全部样本前处理、质检评估工作,出具样本质检报告;
2.检测工作启动后,X个工作日内完成全部检测、质控、数据X析工作,交付原始数据与全套X析报告,不得无故延期。。