海南省林业科学研究院（海南省红树林研究院） 热带地区林草种质资源收集保存与DNA指纹图谱构建项目分子鉴定服务采购供货商遴选的公告

为满足X林草种质资源收集保存与DNA指纹图谱构建项目实施需求，根据工作需要，按照公开、公平、公正原则，特向社会公开遴选X林草种质资源收集保存与DNA指纹图谱构建项目X子鉴定服务供货商，现将有关事项公告如下：一、项目概况项目名称：X林草种质资源收集保存与DNA指纹图谱构建项目X子鉴定服务采购。项目预算：X.XX。二、服务内容及技术要求（一）X子鉴定服务1.DNA样本库构建（1）X范围内对土沉香（Aquilariasinensis）、降香黄檀（Dalbergiaodorifera）等树种的野生种和地方品种进行采样（嫩叶），共完成X份DNA材料的基因组DNA提取。（2）针对沉香、降香黄檀等富含多糖、多酚、树脂的树种采用改良CTAB法，其他树种采用常规CTAB法，提取困难的树种可配套使用试剂盒法作为补充方案。DNA提取成功率≥X%。（3）质量要求：DNA纯度（AXAX比值）在1.8～2.0之间，AXAX比值＞2.0，浓度≥XngμL；1%琼脂糖凝胶电泳显示主带清晰、无降解或RNA污染。不合格样本重新提取直至满足要求。（4）合格DNA样本X装2～3份（X别用于备份、测序X型、长期保存），置于-X℃超低温冰箱保存；建立X台账，完X录入样本编号、树种、来源地、提取方法、浓度、纯度、保存位置等信息，样本合格率≥X%。2.代表性样本基因组测序与生物信息学X析（1）从X份DNA样本中，结合物种类别、地理来源、表型差异等条件，挑选约X份代表性样本（涵盖不同物种、基因型及地理来源，土沉香基因组约XMb，降香黄檀基因组约XMb）。（2）对X份代表性样本开展高通量重测序，覆盖度X×，原始数据QX≥X%，无样本混淆，保留测序原始数据至少X年。（3）生物信息学X析：使用FastQC去除接头和低质量reads进行质控；使用BWA将cleanreads比对至近缘参考基因组；使用GATK流程鉴定SNPInDel变异；使用MISAX识别SSR位点，统计SSR位点类型、数量及X布特征，X析候选SSR标记。（4）形成完X、规范的生物信息学X析报告1份，变异检测、SSR挖掘结果可复现。3.SSR核心标记开发（1）基于生物信息学X析挖掘的SSR位点，利用Primer3X设计合成X对SSR引物（含上下游引物）及1条荧光接头引物，退火温度X～X℃，扩增片段长度X～Xbp，确保引物特异性强、灵敏度高。（2）选取8份代表性样本（土沉香、降香黄檀各4份）对X对SSR引物进行PCR扩增，通过琼脂糖凝胶电泳初步检测扩增效果；对扩增正常的引物进一步采用荧光标记毛细管电泳检测多态性，计算多态性信息含量（PIC），完成2个树种的引物筛选验证。（3）筛选标准：PIC≥0.3，扩增条带清晰、稳定性好、重复性强、特异性高。最终开发SSR核心标记不少于X个（土沉香、降香黄檀各不少于X个多态性SSR标记），并合成相应荧光标记引物。（4）形成SSR核心标记清单，明确每对核心标记的引物序列、退火温度、扩增片段长度、多态性信息含量（PIC）、毛细管电泳等技术参数，编制标记使用说明书。4.DNA指纹图谱构建与数据库建设（1）将SSR核心标记按扩增片段大小和荧光标记颜色X组（每组3～5个标记，避免片段重叠），对全部X份样本开展荧光多重PCR扩增（每物种X个SSR标记），扩增产物经毛细管电泳仪（如ABIXxl）检测，获取每份样本的等位基因信息，生成数字化DNA指纹数据。每个样本每个标记至少检测一次，并设置阳性对照和阴性对照。（2）X份样本的基因X型成功率≥X%，每份种质具有唯一指纹编码。使用GenAlEx等专业X析X处理基因X型数据，编制《X份林草种质资源DNA指纹图谱集》，完X标注样本信息、标记信息、指纹数据。（3）基于MySQL数据库搭建DNA指纹图谱数据库，X合样本信息、SSR标记信息、基因X型数据及指纹图谱，开发查询、比对、溯源功能模块，实现高效管理和便捷使用。建立定期备份制度，确保数据安全。（二）沉香T2T基因组组装1.测序服务（1）选取土沉香代表性样本2份，X别构建PacBioHiFi文库、ONT超长读长（XK）文库和Hi-C文库。（2）设置测序实验，采用X完成XX的DNA短读长测序用于基因组评估及组装校正，借助PacX完成XX的PacBioHiFi测序用于三代基因组组装，利用OxfordX完成XX的ONTUltra-long-XK测序实现三代组装、补gap、X以及rDNA和着丝粒连接，通过X完成XX的Hi-C测序用于染色体挂载，同时获取转录组数据辅助基因组注释，方案建议优先开展基因组survey，再启动后续三代测序。2.基因组组装（1）采用PacBioHiFi数据结合ONT超长读长进行端粒到端粒（T2T）基因组组装，利用Hi-C数据进行染色体水平挂载，最终获得染色体级别的无gap（gap-free）参考基因组。（2）组装质量要求：ContigNX≥XMb，染色体挂载率≥X%，每条染色体两端均鉴定到端粒重复序列，BUSCO完X度≥X%（胚胎植物库_odbX），LAI评X≥X。（3）完成X域、rDNAX域及X域的组装与注释。3.基因组注释（1）重复序列注释：综合运用同源预测、denovo预测和转录组辅助方法，完成全基因组重复序列鉴定与X类。（2）基因结构注释：结合从头预测、同源蛋白比对和RNA-seq证据，完成蛋白编码基因预测，基因模型BUSCO完X度≥X%。（3）基因功能注释：利用NR、Swiss-Prot、Pfam、KEGG、GO等数据库完成基因功能注释，注释率≥X%。（4）非编码RNA注释：完成miRNA、tRNA、rRNA、snRNA等非编码RNA的预测与X类。4.数据交付（1）交付全部原始测序数据（PacBioHiFi、ONT、Hi-C、Illumina）及中间X析文件。（2）交付T2T级参考基因组序列（FASTA格式）、基因注释文件（GFFGTF格式）、功能注释结果表、重复序列注释文件、基因组圈图及共线性X析图等。（3）形成完X的沉香T2T基因组组装与注释X析报告2份。（4）所有数据X存储交付，并提供至少X年的数据备份保X要求1.本项目的伴随服务包括：（1）负责全部实验检测、测序及数据X析工作；（2）提供全套的技术培训和对应的售后服务；（3）伴随服务报价包含在投标总价内。2.服务期：自签订合同之日起3个月内完成全部服务内容并交付成果。3.交付地址：X4.成果质量保证期：自成果验收交付之日起不少于X年，保证期内如发现数据质量问题或X析结果错误，供货商应负责免费重新检测或修正X析。5.技术支持响应时间：提供7×X小时技术支持和服务。在采购人正式提出服务要求后，2小时内作出实质性响应，X小时内给出解决方案。四、资质（资信）要求1.在中华人民共和国X的、具有独立承担民事责任能力的法人，持有有效营业执照；2.信誉良好，遵守行业规范，并提供近X年以来具有类似项目的相关业绩；3.在近X年内经营活动中没有违法记录（成立不足三年的从成立之日起算），在经营活动中没有重大事故、违法记录的声明（提供声明函，加盖本单位公章）；4.必须为未被X站（Xwww.X.cn）X”（Xwww.X.cn）的“失信被执行人”、“重大税收违法案件当事人名单”的供应X页截图并加盖单位公章）。注：本项目不接受联合体X，且不允许入选单位以任何名义进行转包。五、X事项（一）需提交材料参选单位按以下顺序X理提交X资料1套并X别X：1.营业执照副本复印件、组织机构代码证、相关资质证书、税务登记证复印件或“一照三号”或“一照一码”营业执照副本复印件；2.如果由法定代表人参加X，则仅需提供法定代表人X明书、法定代表人X复印件；如果由代理人参加X，则需提供法定代表人X明书、法定代表人X复印件、X及被授权人X复印件；3.相关检测资质证明文件；4.相关业绩证明资料（合同关键页复印件）；5.报价函；6X偏离表；7.服务方案；8.具有良好的商业信誉和健全的财务会计制度（提供参加本次遴选前一年内财务会计制度健全、财务状况良好的承诺函，原件X，格式自拟）；9.依法缴纳税收和社会保障资金的良好记录（提供参加本次遴选前一年内依法缴纳税收和社会保障资金承诺函，格式、内容自拟，原件X）；X.无重大违法记录承诺函；X.提供“信用中国XX站查询结果；（二）报价要求此次报价包括服务费用及其他一切相关费用，不再产生额外费用。（三）材料报送相关要求参选单位请于X年X月X日X:X时前（逾期不予受理）将上述相关材料X密封后送至我院（不接受邮寄）。接收地址：XX合考虑企业诚信、服务优质、价格优惠、项目业绩、服务方案等因素，择优选取1家供货商，遴选X站公示，公示期为3个工作日。联系电话：X-X                                              X林业科学研究院（X红树林研究院）                                                    X年X月X日X